Sezon 2008/2009

Po odejściu z klubu najlepszego piłkarza Ronaldinho, Argentyńczyk przejął po nim numer "10" na koszulce.
1 października 2008 w meczu Ligi Mistrzów z Szachtarem Donieck, Argentyńczyk zmienił na boisku Thierry'ego Henry'ego i po siedmiu minutach zdołał dwukrotnie wpisać się na listę strzelców, dzięki czemu Barcelona, przegrywająca 0:1, zdołała ostatecznie zwyciężyć 2:1.
Messi zdobył w meczu z Atletico Madrty  gola z rzutu wolnego oraz asystował przy jednej z bramek, a Barcelona wygrała spotkanie 6:1. Po tym meczu  Argentyńczyk został wybrany drugim piłkarzem świata podczas gali FIFA, gromadząc 678 punktów.W meczu z Atlético Madryt, Messi zdobył swojego pierwszego hat-tricka w 2009, a Barcelona wygrała spotkanie 3:1.
Niespełna miesiąc później po wejściu na zmianę w potyczce z Racingiem Santander, przy stanie 1:0 dla Racingu, zdobył dwie bramki, zapewniając swojej drużynie zwycięstwo. Strzelony przez niego drugi gol w tym meczu był zarazem 5000 bramką klubu w historii jej ligowych występów.
Barcelona sezon zakończyła triumfując w Copa del Rey, Liga Mistrzów oraz Primera Division

http://www.fcbarca.com/video/hat-trick-messiego-na-vicente-calderon-sezon-2008-09-859.html