Sezon 2009/2010

Przed rozpoczęciem sezonu, przedłużył kontrakt z klubem do 2016 roku, stając się najwyżej opłacanym zawodnikiem w drużynie oraz w całej lidze. Messi będzie zarabiał około 9,5 miliona euro rocznie, zaś klauzula wykupu piłkarza wynosi 250 milionów.
Messi  został królem strzelców turnieju z ośmioma trafieniami na koncie w Lidze Mistrzów.
Sezon 2009/2010 zakończył się dla klubu z Katalonii zwycięstwem w lidze z niesamowitą ilością 99 punktów. Messi zdołał wyrównać rekord Ronaldo z sezonu 1996/1997, kiedy to Brazylijczykowi udało się zdobyć 34 bramki. Otrzymał za to pierwszego w swojej karierze Złotego Buta.

Sezon 2010/2011

21 sierpnia 2010, Messi strzelił hat-trick w swoim pierwszym meczu sezonu. Barcelona wygrała 4-0 nad Sevillą w Superpucharze Hiszpanii. Po starciu z obrońca Atletico Madryt Messi doznał skręcenia wewnętrznych wiązadeł prawej kostki,po 2 tyg wrócił na boisko i w meczu z odwiecznym rywalem Real Madryt wygrał 5:0.
W styczniu Lionel Messi dostał nagrodę dla najlepszego piłkarza 2010 roku inaczej Złota Piłka.
 Lionel Messi został królem strzelców Ligi Mistrzów z 12 trafieniami